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Le traitement des problèmes écologiques par des moyens biologiques porte le nom de bioremédiation et dans le cas spécifique d'utilisation de plantes, phytorestauration.
En bioremédiation les bactéries naturelles ajoutées (allochtones) sont utilisées pour consommer les contaminants des eaux ou sols contaminés.
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La capacité des bactéries hétérotrophes à dégrader une large variété de composés organiques est exploitée dans des processus de traitement des déchets comme la bioremédiation ou le traitement des eaux usées.
Le processus de nettoyage de milieux pollués par des micro-organismes est la bioremédiation Des bactéries peuvent être utilisées pour récupérer des métaux d'intérêts économiques à partir de minerais.
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